Василий Иванович известен как составитель популярных книг для детского чтения.
«Рассказы из русской истории» (выпуск 1—2, Санкт-Петербург, 1861—1864) представляет собой сборник исторических документов с предисловиями или комментариями Водовозова.
«Книга для первоначального чтения в народных школах» (ч. 1, Санкт-Петербург, 1871; 18-е издание 1887) и методическое пособие к ней «Книга для учителей» (Санкт-Петербург, 1871; 5-е издание, 1879) отмечены премией Ушинского.
Автор и составитель книг «Детские рассказы и стихотворения» (Санкт-Петербург, 1871, 1876), «Новая русская литература (От Жуковского до Гоголя включительно)» (Санкт-Петербург, 1866; 7-е издание, 1908), «Древняя русская литература. От начала грамотности до Ломоносова» (Санкт-Петербург, 1872), «Русские сказки в стихах» (Санкт-Петербург, 1883).